研究院所是独立于教育部和高校系统之外、以科研工作为业务核心的各级、各类研究机构。独立研究院所有很多种，其中实力最强、名气最大、分布最广、数量最集中的是直属国务院的中科院、社科院两大科研系统中的各类研究所和研究中心。两大系统下属的各类研究机构遍布全国各地，几乎所有省份都设有其直属的研究机构，其中尤以北京最为集中。这两大系统是专为应对国家和社会发展的科研需求而设的，是国家的“思想库”和“智囊团”，为国家培养源源不断的研究型后备军团也是它们的重要任务之一。

　　另一种独立研究院所是直属国家各部委的，主要是为本部委和所属行业提供科研成果，同时也利用自身成熟而丰富的科研资源为本行业培养研究人才，如国家地震局的地球物理研究所、被誉为金融界“黄埔军校”的中国人民银行研究生部等。其中直属卫生部的中国医学科学院比较特别，它是我国唯一的国家级医科学术中心和综合性医学科研机构，与中国协和医科大学实行院校合一的管理体制，医科院为协和医大提供雄厚的师资和技术力量，协和医大为医科院培养高层次的人才，两者相互依托，优势互补，这样教研相长的的管理模式在我国也是独一无二的。

　　还有一种是直属各省市相关单位的研究机构，它们的级别低一些，规模小一些，但是研究方向更灵活、更有针对性，地域性也更强。它们在向所属省市政府和相关单位提供科研成果的同时，也为各自领域培养后续的研究力量，如北京市首都儿科研究所、广西民族医药研究所等。

　　此外，有些同样以科研为主、不招收本科生的研究院所或研究中心是设在高校内部的，它们归属于高校，并没有完全的独立性，但具有许多与独立院所相似的性质和特点，因此也在本文相关环节的讨论范围之内，如清华大学核能与新能源技术研究院、山东大学文史哲研究院等。

　　有些独立研究院所还有联合招生的情况。出于共享人才资源以形成更广阔的学术视野的原因，或实力不足以单独招生、授课，或其中某些专业方向还没有单独招生资格等原因，一些研究院所根据自身情况，与其他相关领域的培养单位(如本地高校的相关院系等)合作，联合招收、培养研究生。